Bàn Long là ngôi chùa có từ rất sớm ở nước ta, được hình thành trước thời nhà Đinh, cách đây hơn 10 thế kỷ. Tương truyền, nhân dân địa phương phát hiện ra động trên núi đá, thấy trong động có rồng cuộn nên lập chùa ngay từ đó. Trải qua bao thăng trầm của thời gian cho đến nay, ngôi chùa vẫn là chốn thiền tâm linh thiêng đối với bao thế hệ người dân địa phương và du khách muôn nơi.

Chùa nằm gọn trong động của dãy núi Đại Tượng -  ngọn núi có hình dáng giống như con rồng khổng lồ chầu về kinh đô Hoa Lư. “Bàn Long tự” là tên gọi được chúa Trịnh Sâm đặt cho chùa trong một lần ghé thăm nơi đây vào thế kỷ 18. Điều thú vị  là trong động Bàn Long có khối đá tự nhiên hình dáng như con rồng ngồi, nổi rõ cả vảy. Dân gian kể rằng, vào những đợt nắng hạn, khi vảy rồng trong động long lanh tỏa sáng thì vài ngày sau trời sẽ đổ mưa. Vì thế, vào những năm hạn hán, người dân thường làm lễ cầu mưa ở đây.

Toàn bộ khu di tích chùa Bàn Long nằm trên diện tích khoảng 8 sào Bắc Bộ, là công trình kiến trúc thờ Phật độc đáo. Trong động có pho tượng Phật A Di Đà bằng đá xanh nguyên khối được thiên nhiên kiến tạo, là pho tượng Phật bằng đá cổ xưa nhất còn lại đến ngày nay. Phía dưới tượng Phật, những khối nhũ đá tự nhiên giống như một ổ rồng đá cuộn tròn, nhũ đá tạo thành tứ linh: long, ly, quy, phượng, tất cả đều chầu về các tượng Phật. Đặc biệt hơn nữa là vách đá trên cao ở giữa động còn có khối nhũ đá giống hình tượng Phật đang cưỡi ngựa trắng. Mỗi vách động lại được thiên nhiên tạo nên những bức tranh điêu khắc tinh tế: hổ chầu, voi phục, cây vàng, cây bạc… tạo cho không gian nơi đây càng thêm uy nghiêm, thần bí.

Ngoài nơi thờ Phật trong động ra, trước cửa chùa Bàn Long còn có phủ thờ Tam vị Thánh Mẫu, đó là Liễu Hạnh Công chúa, Quỳnh Hoa Công chúa và Quế Hoa Công chúa. Hiện tại, Chùa và động Bàn Long còn lưu giữ được một số hiện vật, đồ thờ tự quý như: Bát hương bằng đá có hình hai con rồng chầu vào mặt trăng được chạm khắc tinh xảo, thể hiện tài hoa của các nghệ nhân, thợ chạm khắc vùng Hoa Lư, tượng A Di Đà bằng đá xanh, hai cây đèn thờ bằng đá…

Trong giai đoạn kháng chiến chống Pháp chùa đã được chọn là nơi đặt xưởng công binh và kho vũ khí đạn dược, là nơi đóng quân, là địa điểm làm việc, hội họp của các cơ quan Đảng, chính quyền Liên khu III tỉnh Ninh Bình và huyện Gia Khánh. Trong kháng chiến chống Mỹ cứu nước, chùa Bàn Long là nơi làm việc và điều trị thương bệnh binh của Quân y viện 105, Quân khu III.

Chùa và động Bàn Long với cảnh quan thiên nhiên tươi đẹp, thâm nghiêm và linh thiêng, nơi lưu giữ những chứng tích lịch sử hào hùng, lại nằm ngay bên cạnh khu du lịch sinh thái Tràng An, giữa hai khu di tích và danh thắng nổi tiếng đó là khu Cố đô Hoa Lư ở phía Tây Bắc và khu Tam Cốc - Bích Động ở phía Tây Nam. Bởi thế, di tích luôn thu hút đông đảo du khách trong và ngoài nước đến thăm quan, chiêm bái.