Quay mặt về hướng nam, song song với đường Vua Đinh hướng về cố đô Hoa Lư, Đền được xem như là một di tích thuộc Hoa Lư tứ trấn. Đền tọa lạc trên mảnh đất dài 100m, rộng hơn 40m, tổng thể công trình kiến trúc khá quy mô, được xây dựng theo kiểu nội công ngoại quốc. Vào đền đi theo hai lối Đông, Tây có hai cột cờ hai bên vút cao. Điều đầu tiên chúng ta thấy là Vọng Lâu với cây đèn đá dựng bên đầu hồi cao hơn một mét. Đây là biểu tượng cái đèn của Nguyễn Minh Không ngày xưa thắp sáng để ngồi thiền tịnh. Truyền thuyết kể rằng, cây đèn tự nhiên mọc lên, Nguyễn Minh Không thường đêm đêm ngồi bên cây đèn và có các loài chim, loài thú về chầu xung quanh. Ánh sáng cây đèn chiếu rọi đến tầng mây trên không, vì thế nên nhân dân quanh vùng tôn hiệu ông là Thiền sư Minh Không.

Kiến trúc Đền có 4 toà làm theo kiểu tiền nhất, hậu công. Năm gian tiền đường làm theo kiểu chồng rường, hồi có mái đại, trụ non xà đuôi chuột, các cặp xà dọc, xà ngang, xà nách, được bám vào cột chắc khoẻ như những ngấn mộng chính xác kín kít, phân bổ ở vị trí không để ảnh hưởng tới sự chịu tải của cột. Gian giữa trên cao ở phía ngoài có cuốn thư chạm khắc bốn chữ Hán Thiên khái Thánh sinh (trời sinh ra Thánh). Bên trong để đồ tế khí, có hai chiếc trống rất quý hiếm, mặt trống đường kính 1,4 m. Trong cùng là chính tẩm gồm 5 gian thờ Nguyễn Minh Không và cha mẹ ông. Phía sau chính tẩm là gác chuông hai tầng, tám mái, cũng toàn bằng gỗ lim. Gác chuông treo quả chuông nặng hơn 1 tấn, cao 1,60 m. Quanh đền có nhiều cây cổ thụ tán lá xanh tươi, rợp che bóng mát một không gian rộng lớn. Những chậu hoa cảnh điểm trang cho Đền thêm vẻ đẹp hiền hòa, thanh khiết… Tất cả tạo thành một bức tranh phong cảnh làng quê vô cùng thâm nghiêm, tĩnh mịch.

Như các đền thờ thần Cao Sơn, thần Thiên Tôn và thần Quý Minh trong Hoa Lư tứ trấn, lễ hội đền Thánh Nguyễn diễn ra cùng dịp với lễ hội cố đô Hoa Lư hằng năm.

Tượng Lý Quốc Sư tại đền Thánh Nguyễn ở quần thể chùa Bái Đính - Ninh Bình

Đức Thánh Nguyễn Minh Không sinh ngày 15 tháng 10 năm 1065. Sau khi mất (năm 1141), ông được triều đình nhà Lý phong là Lý Quốc Sư (vị cao tăng có chức vị đứng đầu triều nhà Lý trong lịch sử Việt Nam). Nhờ có nhiều công lớn trong việc chữa bệnh cho vua Lý và nhân dân, ông cùng với Trần Hưng Đạo đã được người dân Việt tôn vinh như những vị Thánh: Đức Thánh Nguyễn, Đức Thánh Trần. 

Quốc sư Nguyễn Minh Không là người mang ánh xạ của thời đạinhà Lý. Ông đã nghiên cứu, học hỏi, sưu tầm những kiến thức y học dân tộc. Hằng ngày, ông miệt mài tìm thuốc trong khu vườn Sinh Dược để chữa lành căn bệnh lạ cho vua Lý Thần Tông và bá tánh. Ngoài ra, ông còn có công tìm hiểu kỹ thuật nung, pha chế đồng để phục hưng nghề đúc đồng – tinh hoa của nền văn minh Đông Sơn – văn minh Việt cổ. Ông là người có học vấn uyên thâm, một thầy thuốc giỏi, một thiền sư đạt đạo, để rồi từ một nhà sư ở quê nhà Tràng An được mời ra kinh thành Thăng Long làm Quốc sư - một vị quan đứng đầu hàng tăng lữ trong nước.

Tại quê hương Ninh Bình có rất nhiều đền thờ Đức Thánh Nguyễn khác. Trong số đó phải kể đến đền thờ Thánh Nguyễn ở Khu văn hóa tâm linh núi chùa Bái Đính là nơi ông đã phát hiện ra các động và biến chúng thành chùa khi đến đây tìm cây thuốc chữa bệnh cho vua Lý Thần Tông. Tại chùa Địch Lộng ở huyện Gia Viễn, nơi được mệnh danh là Nam thiện đệ tam động, tức động đẹp thứ 3 của trời Nam cũng có đền thờ và tượng của ông. Khu di tích động Hoa Lư thì phối thờ tượng ông cùng với tượng vua Đinh Tiên Hoàng trong ngôi đền cổ. Lý Quốc Sư còn được thờ ở đình Ngô Đồng, xã Gia Phú, Gia Viễn và đền thờ Tô Hiến Thành dưới chấn núi Cắm Gươm ở bên sông Hoàng Long, chùa Nhất Trụ và động Am Tiên ở cố đô Hoa Lư. Tại đền Thượng xã Khánh Phú và đền Tam Thánh ở xã Khánh An, Yên Khánh ông được suy tôn là Đức Thánh cả.

Ngoài ra, Đức Thánh Nguyễn còn được thờ tại một số chùa tại miền Bắc như: Chùa Quỳnh Lâm – Xã Tràng An, Đông Triều, Quảng Ninh; Chùa Cổ Lễ - Thị trấn Cổ Lễ, Nam Ninh, Nam Định; Chùa Keo – Xã Duy Nhất, Vũ Thư, Thái Bình.